Pada tahun pada tahun 2020, karena lokasi pesantren berada di samping Tol Cipularang, tepatnya dekat pintu keluar tol Moh Toha, pesantren dan lembaga-lembaga formal yang berada di bawah naungan yayasan pesantren (RA, MI, MTS, MA) harus merelokasi bangunan ke lokasi baru. Di jalur tersebut, berdasarkan rencana pembangunan yang dicanangkan Pemerintah, juga akan dibangun lintasan rel Kereta Cepat Jakarta-Bandung. Pimpinan Pesantren KH Khoiruddin Aly mengatakan setelah proses ganti rugi dan relokasi lahan dan bangunan selesai, kini pesantren telah membangun kembali gedung pesantren di lahan yang baru yang letaknya tidak jauh dari lokasi lama. "Alhamdulillah walaupun pembangunan pesantren belum sepenuhnya selesai di lahan dan gedung yang baru para santri dan siswa sudah mulai kembali beraktivitas belajar dan mengaji dengan tetap menerapkan protokol kesehatan," ungkap KH Khoiruddin Aly, Jumat (20/8/2021). Menurutnya, dalam kondisi pandemi saat ini para siswa dan santri yang berjumlah sekitar 2000 siswa dari RA hingga Madrasah Aliyah telah memulai kembali kegiatan pembelajaran dengan sistem daring dan luring.
